Μonseñor Juan Manuel Toro Vallejo nació el 9 de mayo de 1959 en Medellín. Estudió Filosofía y Teología en el Seminario Nacional Cristo Sacerdote de La Ceja y en la Universidad Santo Tomás de Bogotá.
Fue ordenado sacerdote el 3 de noviembre de 1995 para la Diócesis de Sonsón-Rionegro. Desde entonces, ha desempeñado los siguientes cargos y ha realizado estudios de perfeccionamiento como Formador en el Seminario Intermisional Colombiano San Luis Beltrán de Bogotá (1996-1997) y en el Seminario Cristo Sacerdote de Yarumal (1998-1999); también Rector del Colegio Mons. Alfonso Uribe Jaramillo de Rionegro (1998-2000); y Formador en el Seminario Arquidiocesano San Pedro Apóstol de Cali (2001-2003).
Seguidamente, cursó estudios de Espiritualidad en los Padres Sulpicianos de Montreal, Canadá (2003-2004). Nuevamente en Colombia, fue Formador y luego Rector del Seminario Diocesano de Sonsón-Rionegro (2005-2009); Rector del Seminario Intermisional Colombiano San Luis Beltrán (2010-2017); y desde 2020, Director de la Asociación Sacerdotal de los Siervos del Espíritu Santo.
El 21 de marzo de 2024, el Papa Francisco lo nombró obispo de la Diócesis de Girardota. Recibió la ordenación episcopal el 18 de mayo en el municipio de el Carmen de Viboral y tomó posesión de dicha jurisdicción el 25 de mayo de 2024 en la Catedral Nuestra Señora del Rosario en el municipio de Girardota (Ant).